PET検査では、一回の検査でほぼ、全身のがんの有無、場所、大きさを測定することができます。さらに、従来の検査だけでは発見できない微小ながんやその位置まで正確に確認することが可能です。また、がんだけでなく、脳疾患、心臓疾患の検査にも利用され、三大生活習慣病の超早期発見にも多大な効果を発揮します。しかしPET検査にも弱点がありすべてのがんに対しての万能な検査ではありません。検査で使用される薬剤（18F-FDG）は、尿中に排出されるので、膀胱には異常がなくても薬が集まってしまい、腎がん・尿管がん・膀胱がん・前立腺がんといった尿路系のがんを発見することは困難です。またがんの中には糖代謝を行っていないものもあり、その様ながんを発見する事も困難です。その他白血病の診断にも向きません。しかし、この弱点を補うためCT、MRI、超音波、内視鏡検査などほかの画像診断検査や血液検査などを組み合わせることで、弱点である部位のがん発見率を高めています。